La construcción de la catedral comienza por orden de fray Diego Fernández de Villalán, obispo de Almería, tras el terremoto de 1522, que destruye el anterior templo. La nueva catedral comienza su construcción en 1524 y fue presumiblemente proyectada por el burgalés Diego de Siloé, en estilo gótico tardío, con un diseño a modo de fortaleza que sirva como defensa contra los ataques de los piratas berberiscos y los moriscos sublevados, siendo así dotada de almenas, torreones, contrafuertes, así como los muros de menor altura, para soportar mejor impactos de artillería, y una cubierta plana sobre la que pudieran montarse cañones.




















En 1555, el obispo de Villalán contrató al arquitecto Juan de Orea, quien introdujo elementos renacentistas como el recinto y sillería del coro ( 1558-61 ), la capilla de San Indalecio ( 1562-64 ), la sacristía ( 1566 ), la portada norte o principal ( 1567 ), la puerta de los Perdones ( 1569 ), la finalización de la capilla de la Piedad, el sepulcro del obispo Villalán en la capilla del Santo Cristo y decoración de la linterna del crucero.
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